Tôta se retrouve plongé dans le monde de Negima !Negi Springfield et d'autres personnagesde Negim ! débarquent dans UQ Holder ! Grâce'à sa magie ; Kûneru envoie Tòta au collège Mahora à l'époque où Negi y était encore enseignant. Simple spectateur, il observeYukihime tourmentée par ses amours malheureuses, sans qu'elle puisse le voir ni l'èntèndre, jusqu'à ce que le cours du temps se remette en marche. C'est alors que leur plus grand ennemi apparaît devant eux !